アメリカ海軍のエリート・パイロット養成学校＂トップガン＂に、天才と呼ばれた男が帰ってきた。父と親友を空で失った過去を持ち、誰よりも空の厳しさと美しさを知るマーヴェリック（トム・クルーズ）だ。彼は守ることの難しさ、戦うことの過酷さを教えようとするが、訓練生らは型破りな指導に困惑し反発する。そんな新人たちの中には、かつてマーヴェリックの相棒だったグースの息子ルースター（マイルズ・テラー）の姿もあった。ルースターは、訓練中に命を落とした父とバディを組んでいたマーヴェリックを恨み、対峙するが…。